Missione di Salvataggio del Kazekage

Questo arco inaugura la seconda metà della serie, coprendo i volumi dal 28 al 32, i capitoli dal 245 al 281 e i primi trentadue episodi di Naruto: Shippūden. È incentrato sul tentativo di salvare il Quinto Kazekage da Akatsuki. Nel manga segue Kakashi Gaiden, mentre l'anime colloca prima di esso la Missione di Supporto a Sunagakure, ed entrambi conducono poi alla Missione di Ricognizione al Ponte Tenchi.

Dopo due anni e mezzo di allenamento con Jiraiya, Naruto torna a casa e trova i suoi coetanei saliti di grado e Gaara ora a capo di Sunagakure come Kazekage. Si riunisce a Kakashi e Sakura come squadra riformata. Nel frattempo la coppia di Akatsuki formata da Deidara e Sasori colpisce il Villaggio della Sabbia e, sebbene Gaara combatta con ferocia per proteggere la sua gente, l'argilla esplosiva di Deidara lo sopraffà. I due lo portano via e la loro organizzazione inizia un rituale di tre giorni per estrarre la sua bestia codata. Appreso del rapimento, il Team Kakashi parte per Suna, raggiunto lungo il cammino da Temari.

Al villaggio, l'abilità medica di Sakura salva un Kankurō avvelenato e fornisce un frammento del mantello di Sasori per rintracciare il nemico, con l'anziana burattinaia Chiyo che si unisce all'inseguimento. Tsunade invia il Team Guy come rinforzo. Akatsuki rallenta entrambe le squadre con sosia camuffati di Itachi e Kisame, guadagnando tempo per completare il sigillo. Chiyo e Sakura mettono alle strette Sasori, smantellando i suoi burattini, il Terzo Kazekage trasformato in burattino umano e infine il suo stesso corpo di burattino, apprendendo di una spia che aveva infiltrato tra le fila di Orochimaru prima che muoia. Naruto e Kakashi inseguono Deidara e il Mangekyō Sharingan di Kakashi aiuta a respingerlo, sebbene venga distrutto solo un clone.

Le squadre si riuniscono troppo tardi per impedire la morte di Gaara, lasciando Naruto devastato. Chiyo tenta la sua tecnica di reincarnazione ma non ha abbastanza forza vitale per completarla, così Naruto presta il suo chakra e lei riporta in vita Gaara al prezzo della propria vita sotto gli occhi della gente di Suna. In lutto per Chiyo, gli shinobi di Konoha salutano i fratelli della Sabbia e una piccola scia di sabbia guida la mano di Gaara in una stretta riconoscente con Naruto. Altrove, un Deidara sopravvissuto recupera il braccio perduto e incontra il nuovo arrivato mascherato Tobi, che cerca di occupare il posto lasciato vuoto da Sasori in Akatsuki.