Apparizione del Tre Code

Esclusivo dell'anime di Naruto: Shippūden, questo arco si svolge negli episodi dall'89 al 112 e rappresenta la sequenza più lunga composta solo da anime nella serie. Segue gli sforzi concorrenti di Akatsuki, Konoha e del Team Guren per catturare il Tre Code. Si colloca dopo la Missione di Soppressione di Akatsuki e introduce la Missione di Inseguimento di Itachi.

Su ordine di Orochimaru, Kabuto e il Team Guren conducono un giovane ragazzo, Yūkimaru, presso un lago e lo costringono a riversare il suo chakra, attirando il Tre Code in superficie. Guren aiuta a trascinare completamente la creatura allo scoperto, ma il tentativo di sottometterla fallisce quando la bestia spazza via gli assalitori con un'onda enorme. Rintracciato il nascondiglio, Tsunade invia Kakashi a guidare il Team 8, poi li segue con Yamato, Sai, Sakura e Naruto. Le forze di Konoha comprendono che l'obiettivo è la bestia codata stessa e radunano un gruppo di caccia più numeroso.

I ninja riuniti si dividono in tre gruppi: uno per sigillare la creatura in una dimensione separata, uno per fare da guardia e uno per combattere. Il sigillo quasi tiene fino a quando l'interferenza di Guren provoca il Tre Code che attacca tutti. Yūkimaru lo placa brevemente, ma una volta esaurite le forze la bestia si rivolta contro di lui; Guren e Naruto lo proteggono e vengono inghiottiti, riuscendo a fuggire solo con l'aiuto dei compagni. Segue quindi un secondo tentativo di sigillo.

Proprio mentre quel secondo tentativo sta per completarsi, un Yūkimaru affranto dal dolore, credendo Guren morta, potenzia la bestia che si libera con violenza. Essa infuria, schiacciando diversi subordinati di Guren, eppure i suoi colpi non feriscono mai il ragazzo. Solo una tecnica di fiamma combinata di vento e olio riesce infine a respingerla. Gli shinobi di Konoha rimasti affidano il sigillo agli Anbu e fanno ritorno a casa, ignari che Deidara e Tobi di Akatsuki elimineranno presto quegli Anbu.

Nel manga la cattura della bestia avviene molto prima, all'inizio della Missione di Soppressione di Akatsuki, sebbene si svolga in modo molto simile: Tobi attira il Tre Code mentre Deidara modella un pesce di argilla esplosiva per abbatterlo, dopodiché viene sigillato all'interno della statua del gruppo. L'arco lascia anche un segno duraturo, poiché Isobu ricorderà in seguito questo incontro con Naruto quando i due si incontreranno di nuovo durante la Quarta Guerra Mondiale dei Ninja.