故事以一位孤独的年轻捣蛋鬼开场，他身上封印着一只所有村民都不允许他忘记的尾兽，直到遭遇背叛和一位老师的善意，他才最终获得了自己的忍者护额。这是《火影忍者》原版的首播集。
《火影忍者》第二集介绍了第三代火影的孙子，一个因自身原因追逐火影名号、在得知赢得尊重没有捷径之后缠上鸣人的少年。
在忍者学校分队分配的日子，鸣人与新队友宇智波佐助对立，发生了那场臭名昭著的意外接吻，而喝下变质牛奶的鸣人在冲向厕所的同时谋划着拆散宇智波佐助和樱。
卡卡西让第七班进行铃铛测试，这是一项淘汰率极高的生存演习，这支格格不入的三人组很快发现，恶作剧和鲁莽冲锋根本无法与一位战斗中还悠闲看书的上忍抗衡。
铃铛测试的裁决揭晓，宇智波佐助、春野樱和漩涡鸣人都未能以团队角度思考，但一次共同的反叛行为让他们明白，抛弃同伴才是所有罪行中最不可饶恕的。
《火影忍者》第六集中，第七班首次接到走出村子的任务，护送造桥专家前往波之国，途中两名潜伏的刺客突然发动袭击，任务瞬间变得生死攸关，这也成为小队首次经历实战的洗礼。
第七班前往波之国的护送任务暴露了真正的危险，一名叛忍剑士为抢夺委托人而突袭他们。旗木卡卡西被迫对桃地再不斩亮出写轮眼，两名上忍在雾墙内以影分身对决开场。
卡卡西被囚困于水牢之中，他的三名学生必须独自抵挡再不斩。铭刻于自身痛苦的誓言驱使鸣人抛弃逃跑的本能，冒险使用分身与手里剑的计策解救老师。
在学生们合力下从再不斩的水牢中脱身后，旗木卡卡西用写轮眼将这名剑士的忍术反施其身。正当他准备终结战斗时，一名戴着面具的追忍出现并带走了再不斩的尸体。
在达兹纳家中恢复期间，卡卡西意识到再不斩只是假死，肯定会卷土重来。一场再战迫在眉睫，他派第七班进入森林，掌握完全依赖查克拉控制的爬树练习。
随着达兹纳的手下灰心丧气，第七班亲眼目睹了压垮波之国的贫困，而伊那里墙上被撕破的全家福揭开了被卡多毁灭的英雄凯沙的悲惨故事。
森林中与白的偶然相遇让鸣人明白，真正的力量来自于守护珍视之人。在他与佐助修炼爬树、与内心痛苦的伊那利发生冲突之时，第七班前往大桥，再不斩正等候再战。
伊那利鼓起勇气对抗卡多雇佣的绑匪时，宇智波佐助在大桥上面对白致命的冰镜，而漩涡鸣人则奔波于两场危机之间。这是《火影忍者》原版动画的第13集，属于波之国序章。
鸣人以喧闹的登场冲入桥上的战斗，不仅没有得到卡卡西的表扬，反而遭到责备。他和佐助一起被困在白的冰镜圆顶内，两人挣扎着在这项两人都不理解的忍术中寻找破绽。
陷入白的冰镜中，宇智波佐助和漩涡鸣人与令人目眩的速度苦战，而桃地再不斩用浓雾笼罩战场，使旗木卡卡西的写轮眼失效，并向达兹纳和春野樱发出致命一击。
第16集将第七班逼至大桥上的绝境。白不再留情，宇智波佐助为保护昏迷的漩涡鸣人而觉醒写轮眼，而同伴看似丧命的悲痛让鸣人首次释放出体内的九尾妖狐之力。
原版《火影忍者》第17集中，怒火中烧的漩涡鸣人击碎了白的冰镜，这才了解到面具后那个少年悲惨的过去；与此同时，旗木卡卡西正以他标志性的雷切逼近桃地再不斩。
在这篇波之国章节中，未完工大桥上的决斗迎来了严酷的转折点，白挺身挡在旗木卡卡西的攻击与无助的桃地再不斩之间，而惊惶的村子终于开始鼓起勇气。
被卡多背叛，又被鸣人的眼泪所触动，再不斩发起最后的冲锋为白复仇，以此结束了波之国任务，并激励鸣人踏上属于自己的忍者之路。
中忍考试篇的开篇集，在第七班从波之国归来后，团队协作出现裂痕，木叶丸的恶作剧使砂隐三姐弟登场，第三代火影宣布即将举行考试。
火影忍者第21集以中忍考试开场，砂隐村三姐弟与一支潜伏的音隐村小队先后登场，随后三位上忍提名各自带领的新人，而伊鲁卡则对第七班的备战状态进行了一场变装考验。
第22集《火影忍者》介绍了李洛克，他挑战宇智波佐助以证明纯粹的体术能胜过写轮眼，随后迈特·凯到来揭示李洛克甚至不是自己队伍中最强的下忍。
《火影忍者》第二十三集将木叶村的新人毕业生汇聚在中忍考试的门前。重逢因一位热心的考生药师兜揭示出对手何等危险而变得紧张，而音忍三人组则迅速展示了场内本已一触即发的气氛。
中忍考试以森乃伊比喜主持的一场严苛的笔试开场。下忍们逐渐意识到真正的考验并非解答那些无解的问题，而是在无人察觉的情况下作弊，每位考生都将各自的特长用于暗中窃取答案。
森乃伊比喜在最后一道考题上抛出了一个残酷的选择，而漩涡鸣人拒绝退缩的叛逆态度带领全场通过了中忍考试的第一阶段。
原作系列的第一个原创剧集，是一部喜剧式回顾，木叶丸小队在死亡森林外采访第七班。每个忍者都为了夸耀自己而扭曲故事，采访最终演变成漩涡鸣人和宇智波佐助之间的又一场争吵。
御手洗红豆在死亡森林内宣布中忍考试残酷的第二阶段，这是一场旨在将参与者淘汰一半的生存试炼，各小队互相狩猎，夺取晋级所需的卷轴。
一集中忍考试篇章，第七班在死亡森林中揭穿了两名不同的冒充者，一个巧妙的超长口令计划揭露了一名戴着鸣人面孔的草忍，一条巨蛇将真正的漩涡鸣人整个吞下。
漩涡鸣人拒绝让宇智波佐助交出他们的卷轴，夺回卷轴后便扑向死亡森林中伪装的敌人。即使伤痕累累、查克拉耗尽，他仍迸发出保护伙伴的意志，迫使动摇的宇智波佐助重新找回自己的战意。
宇智波佐助与一名神秘草忍的残酷决斗在致命火遁中达到高潮，却引出了一个更为致命的对手。陌生人卸下伪装，露出大蛇丸的真面目，他为宇智波佐助刻下咒印后消失在森林中。
被音忍三人组逼得精疲力尽，春野樱独自守护在昏迷的队友身旁。李洛克突然闯入，誓言要以性命守护她，并对托斯施展禁术表莲华，却发现单纯的速度敌不过以音速攻击的敌人。
中忍考试篇第32集为小樱带来了突破性时刻，她割断头发，独自对抗音忍，守护倒下的队友，直至援军赶到。
第十班出手保护负伤的第七班，对抗音忍，井野以心转身之术赌上一把，使战局陷入僵持。随后佐助苏醒，咒印在他全身肆虐，他将怒火转向萨克，直到樱的恳求将他拉回。
《火影忍者》早期的一集剧情发生在死亡森林，让正在恢复的下忍新人们亲眼目睹我爱罗的冷酷无情，这位砂隐下忍毫不留情地消灭了一支对手小队，毫发无伤地通过了第二场考试。
中忍考试章节，刚刚恢复的漩涡鸣人一度想伪造团队欠缺的第二支卷轴，却被药师兜警告不得查看手中已有的那支。药师兜随后加入第七班，一同前往森林中央的高塔，途中遭遇来自雨隐村的对手小队以幻术困住他们。
《火影忍者》第36集为死亡森林中对抗胧小队的战斗画上句号，漩涡鸣人用自身的影分身反制对方的幻影分身，药师兜的真实立场也悄然浮现。
《火影忍者》第三十七集为死亡森林生存测试画上句号，让通过第二场考试的队伍重聚，并在第三代火影向晋级者做简要说明后，为下一阶段做好了铺垫。
《中忍考试》中的一集，由于太多下忍通过了第二场考试，不得不进行一轮一对一预选赛，第一场比赛由身体抱恙的佐助在卡卡西的密切关注下对阵赤胴铠。
宇智波佐助因咒印而身体受损，又遭铠的查克拉吸取削弱，陷入只能靠体术对决的困境。他用结合李洛克的迅捷速度拼凑出的全新招式予以回击，随后旗木卡卡西将他带离，不料却迎面撞上大蛇丸。
在中忍考试期间，一场紧张对峙让卡卡西与大蛇丸正面相对，不过这次对峙并未交手便结束了。在赛场上，志乃巧妙运用虫子战胜萨克，晋级下一场比赛。
勘九郎用傀儡戏法击败剑美澄后，预选赛的焦点转向春野樱和山中井野。两人自幼的友谊与压抑的竞争终于爆发为一场谁也不愿输掉的战斗。
原版动画的第四十二集结束了春野樱与山中井野的预选赛。昔日好友拼至筋疲力尽，井野的头发陷阱险些取胜，而内心的樱爆发出的意志让这场比赛以平局收场。
两场预选赛上演，手鞠的扇子压制了天天的全部武器，鹿丸则将一场不利的幻术陷阱反用在了金身上，利用她自身的钢丝赢下比赛。
中忍考试预选赛中，漩涡鸣人对上犬冢牙和他的搭档赤丸。起初处于劣势，鸣人将比赛变成了一场智斗，但犬冢搭档的兽性配合仍然难以招架。
《火影忍者》第四十五集展现了鸣人与牙的预选赛对决，处于劣势的一方将对手的招数反过来利用，并临场发挥，在中忍考试观众的注视下，拼尽全力取得了一场狼狈却又出人意料的胜利。
比赛让胆怯的雏田对阵来自日向分家的堂兄宁次。遭到轻视并濒临放弃时，她从鸣人的助威呐喊中突然获得勇气，两位亲属最终用日向一族标志性的柔拳交手。
《火影忍者》第47集为日向堂兄妹之间揪心的预选赛画下句点，伤痕累累的雏田不断迎向宁次站起来，漩涡鸣人发誓要让他付出代价。
《火影忍者》第四十八集带来了观众期盼已久的李洛克与我爱罗的预选对决。李洛克卸下隐藏的负重，突破了自动防御的沙墙，但他击中的每一拳，在面对形状不断变化的防御时，效果远不如看起来那样具有决定性。
被砂分身所骗后，李洛克与真正的我爱罗展开对决，他进一步深入八门遁甲，开启第三门，令对手都心生忌惮。与此同时，凯和宁次回忆起他从失败中顽强奋起的历程。
《火影忍者》第50集将李洛克推至面对我爱罗时开启第五门，即使胜出，这场豪赌的代价也威胁要彻底终结他的忍者生涯。
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