大正の世、心優しい竈門炭治郎は炭を売って山の家族を支えている。ある夜明けに家へ戻ると、家族が鬼に惨殺されていた。生き残ったのは妹の禰豆子だけだが、彼女は鬼となっており、通りかかった剣士が彼女を斬ろうとする。
義勇の導きに従い、炭治郎は鬼の呪いを受けた禰豆子を背負って狭霧山へ向かう。その道中、彼らは寺で人を食らう怪物と対峙し、面をつけた見知らぬ者が現れて、この心優しい少年が隊士として鍛えるに足るかを見定める。
炭治郎が鬼殺隊へ向かう道は鱗滝左近次のもとで始まり、山での過酷な一年を乗り越えていく。やがて二人の仮面をつけた精霊、錆兎と真菰が彼の剣術と呼吸を磨き上げ、ついに不可能と思える最終試練に挑めるようになる。
炭治郎は鱗滝のもとでの修行を終え、藤襲山での最終選別に挑み、共に修行した錆兎と真菰を殺した古い姿を変える鬼と対峙しながら、七日間の試練を生き延びる。
炭治郎は手鬼を倒し、鱗滝のもとで命を落とした門下生たちの囚われた魂を解放する。最終選別を終えた生き残りたちは隊に迎え入れられ、刀のための鉱石を選び、炭治郎は思いがけない色に変わる刃を授かる。
今や隊服をまとい、眠る禰豆子を昼間用の箱で運ぶ炭治郎は、若い女たちが夜ごと消え続ける北の町で初めての仕事に就く。やがて彼の鼻は、沼の水の中に潜む鬼へと導いていく。
禰豆子を傍らに戦わせながら、炭治郎は沼鬼とその写したちを倒し、次の任務のため賑わう浅草の街へ赴く。だがそこで、自らの家族を滅ぼしたまさにその鬼、鬼舞辻無惨と顔を合わせることになる。
浅草で無惨が逃げ去ったのち、二人の異色の鬼が炭治郎を助けるために進み出る。医者の珠世と、辛辣な助手の愈史郎だ。彼らは、無惨の追手が迫る中、禰豆子を再び人へ戻す道があるかもしれないと明かす。
無惨の従者である、手毬を投げる朱紗丸と、向きを曲げる矢琶羽の二体が、珠世の隠れ家を包囲し、炭治郎と禰豆子を、十二鬼月の一員を相手にした最も厳しい戦いへと追い込む。
アニメ第十話は、矢印鬼の最後の猛攻を炭治郎が水の呼吸でしのぐ一方、禰豆子と珠世が朱紗丸との形勢を逆転させ、無惨に仕えることの代償が残酷なまでに明らかになって、浅草の死闘に決着をつける。
炭治郎は道中で臆病な善逸と出会い、二人は次の任務に従って森の屋敷へと向かう。そこでは鼓の音に合わせて部屋が動き、怯えた子供たちが外で待ち、猪の面をかぶった剣士が乱入して戦いに飛び込んでくる。
動き続ける屋敷の中で、伊之助は炭治郎と鼓鬼と斬り結び、善逸は眠ったまま戦って子供を救い、響凱の蔑まれた作家としての人間時代の苦い過去が明かされる一方、珍しい血の脅威が迫る。
傷つき満身創痍の炭治郎は、ついに響凱を斬り倒す呼吸を掴み、響凱はその技をようやく褒められて涙を流す。屋敷の外では善逸が禰豆子の箱を庇って殴られ、激怒した炭治郎が友を守るために面の剣士へ突進する。
炭治郎と面の剣士の戦いは頭突きで決着し、猪の面が外れて嘴平伊之助の素顔が現れる。三人は藤の花の家紋を掲げた家で休むが、禰豆子が箱から出て、善逸が初めて彼女を目にしたとき、夜は一変する。
三人の次の任務は、糸が張り巡らされた山へと続く。そこでは殺された鬼殺隊員が糸で操られていた。炭治郎と伊之助は操られた仲間を解放しようと戦い、蜘蛛の鬼の家族と、ぞっとするような子供のような鬼が木々の間から見つめている。
累に迫られた母蜘蛛鬼は、人形たちをさらに激しく戦わせ、そして首をへし折る。炭治郎と伊之助は操られた隊士を枝へ投げる術を学び、優しい最後の一太刀が、死にゆく鬼に長く望んでいた安らぎを与える。
毒に侵され一人になった善逸は、人間の頭を持つ蜘蛛の子鬼と対峙し、決して自分を見捨てなかった師の記憶の中に勇気を見出して、唯一の型を極めて勝つ。一方、炭治郎と伊之助は、そびえ立つ父鬼と相まみえる。
那田蜘蛛山で、炭治郎と伊之助は蜘蛛一家の巨大な家長と対峙し、傷ついた善逸は毒を抑え込もうとする。森へ投げ飛ばされた炭治郎は、累が鬼の妹を虐げているところに行き当たり、その絆を偽りだと公然と言い放つ。
那田蜘蛛山に柱たちが到着し、義勇が一太刀で蜘蛛の家長を斬り倒す。累の血の糸に追い詰められ、頭上で禰豆子が血を流す中、炭治郎は父の火の神楽を思い出し、まったく新しい技を発火させて下弦の鬼の首を斬る。
累は斬首を生き延びて疲れ果てた炭治郎を追い詰めるが、義勇が割って入って彼に止めを刺す。この話は娘の記憶を通して蜘蛛一家の成り立ちを描き、一方でしのぶは逃げる娘を追い、藤の毒で彼女を殺す。
累の死にゆく記憶が、鬼となり実の両親に追われた病弱な子供の姿を明かす。炭治郎が鬼に慈しみを示す中、義勇がしのぶから禰豆子を守ろうと割って入り、本部は兄妹を捕らえるよう命じる。
炭治郎は鬼を連れていたことで九人の柱による裁きにかけられる。彼らが禰豆子の処遇をめぐって言い争う中、風柱の実弥が自らの腕を斬って彼女を挑発し、ついに鬼殺隊の長である産屋敷耀哉が現れて判断を下す。
禰豆子は実弥の血から顔を背けて自制心を証明し、お館様は柱たちの信頼を得るために十二鬼月を一体倒すよう炭治郎に命じる。兄妹は蝶屋敷で療養に送られ、鬼殺隊の長は無惨を滅ぼすことを誓う。
しのぶの屋敷で療養する炭治郎、伊之助、善逸は、カナヲに勝てない過酷な機能回復訓練に挑む。炭治郎は昼も夜も全集中の呼吸を保とうと励み、しのぶは自らの笑顔を支える悲しみを打ち明ける。
蝶屋敷で療養する炭治郎は、一日中呼吸法を維持しようと自らを追い込む。その地道な努力が、気乗りしない善逸と伊之助を再び鍛錬へと引き戻し、投げた硬貨が、寡黙な手合わせ相手カナヲのつらい過去を明らかにする。
鍛錬が終わりに近づく頃、無惨は下弦の鬼たちを召集し、怒りのままにそのほとんどを粛清し、ただ一人だけを生かす。炭治郎は屋敷を後にし、カナヲに自らの心に従う理由を与え、仲間とともに無限列車に乗り込んで第一期が幕を閉じる。
無限列車の調査を命じられた炎柱は、駅のある町を恐怖に陥れる血鬼術を宿した鬼を追う。煉獄は弁当売りの少女とその祖母を救い、下手人を討つが、列車そのものにはなお遥かに恐ろしい何かが潜んでいると感じ取る。
三人組はついに無限列車で煉獄と合流し、彼が二体の鬼をいとも容易く倒すさまを目にする。だが夜が更けると、隠れた敵がすべての乗客と隊士を眠りに誘い、炭治郎を失った家族との優しい夢の中に閉じ込める。
それぞれの隊士が己だけの夢に漂う間、魘夢の手先たちは彼らの精神の核へとにじり寄る。炭治郎は家族とのつかの間の再会を噛みしめたのち、その喪失を自らに無理やり受け入れさせ、禰豆子の助けを借りて唯一の脱出口、すなわち目覚めることへと手を伸ばす。
炭治郎は夢の中で自らの首を斬って目覚め、仲間たちを魘夢の術から解き放つ。彼は鬼と直接対峙し、催眠から逃れるために繰り返し自害するが、魘夢が己の体を列車全体と融合させていたことを手遅れになってから知る。
魘夢が列車に接ぎ木され、数百人の乗客が人質となる。目覚めたばかりの隊士たちは守りを分担し、炭治郎と伊之助は、催眠が炭治郎を引き込み続ける中、とどめの一撃のために鬼の隠された首の骨へと突き進む。
第二期の第六話は、列車が残した残骸の中で幕を開ける。炭治郎と伊之助は魘夢の最後の崩壊を生き延びるが、はるかに恐ろしい敵と出会う。下弦の壱が消えゆく中、上弦の鬼が砂塵の中から現れ、煉獄に恐ろしい取引を持ちかける。
煉獄と猗窩座の決闘は終わりを迎え、炎柱は最後の一戦にすべてを注ぎ込む。血を流し、再生に劣勢を強いられながらも、彼は一人の乗客でも危機に瀕する限り倒れることを拒み、その最期の言葉が鬼殺隊全体に波紋を広げる。
悲しみは新たな任務へと移り変わる。炭治郎は煉獄の最期の言葉を炎の一族の家へ届け、酒に酔った苦々しい父と出会う。数か月後、派手な新たな柱が蝶屋敷に乗り込み、少年たちを鬼が潜む遊郭の町へと連れ去る。
天元は三人の行方知れずの妻を探すため、少年たちを吉原の煌びやかな夜へと導く。娘に変装してそれぞれの店に潜り込んだ炭治郎、善逸、伊之助は、ひそかに手掛かりを集め始めるが、隠れた危険が壁の内から見つめている。
疑念が対決へと変わり、少年たちは三つの店すべてで隠れた鬼へとにじり寄る。伊之助は荒らされた部屋に踏み込み、善逸は泣き声をたどってまっすぐ、その美しさが上弦の鬼を覆い隠す花魁の巣窟へと足を踏み入れる。
善逸が姿を消し、天元が退却を促す中、炭治郎は留まって戦うことを選ぶ。堕姫がときと屋で正体を現し鯉夏を捕らえると、彼は刀を抜き、独りで上弦の陸と対峙せねばならないと覚悟する。
天元は病んだ妻のもとへたどり着き、地下に潜む鬼を狩りに向かう。一方で炭治郎は堕姫に対し水の呼吸を捨ててヒノカミ神楽を用いる。店の下では伊之助が堕姫の犠牲者の溜め込み場を見つけ出し、散り散りだった一行がついに一つになる。
堕姫は散らばった帯を取り戻して格段に強くなり、その攻撃を遊郭の人々へと向ける。炭治郎の怒りが彼を突き動かし、ついにその体が限界を迎えると、妹が堕姫と兄の命の間に立ちはだかる。
禰豆子の鬼の本性が高まり、堕姫を圧倒した彼女はやがて罪なき周囲の者へと牙を向けるが、炭治郎がそれを抑え込む。天元は堕姫の首を斬り落とすが、その体から第二の鬼が現れ、上弦の陸が実は兄妹、すなわち妓夫太郎と堕姫であることが明かされる。
天元は妓夫太郎の毒に少しずつ蝕まれながら兄妹の両方と戦い、忍としての過去と耀哉の優しさを思い返す。炭治郎、伊之助、そして回復した善逸が助けに駆けつけ、別々だった衝突が一つの混沌とした戦いへと融け合う。
藤を仕込んだ一撃が一時的に妓夫太郎を動けなくするが、隊士たちの攻撃は及ばず、彼は雛鶴を捕らえる。炭治郎は二つの呼吸を融合させて彼女を救い出し、一方で伊之助はついに堕姫の首を斬り落とすが、その兄に背後から刺し貫かれる。
炭治郎は妓夫太郎を毒の罠へとおびき寄せ、一方で蘇った天元と仲間たちが攻め立てる。鬼殺隊の痣を覚醒させた炭治郎は限界の体を押して前へ進み、隊士たちは兄妹の両方の首を同時に斬り落とそうと動く。
禰豆子の炎が妓夫太郎の最後の爆発から全員を守り、味方から毒を焼き払う。兄妹が消えゆく中、妓夫太郎の悲しい過去が明らかになり、二人は和解し、一世紀ぶりとなる上弦の死の報せが広まっていく。
一世紀ぶりの上弦の死は、鬼殺隊と無限城に集う無惨の鬼たちの双方を動揺させる。蝶屋敷で回復する炭治郎は、怒った刀鍛冶に新しい刀を断られたことを知り、隠れ里である刀鍛冶の里へと旅立つ。
炭治郎は、古い戦闘用の絡繰人形を動かす鍵をめぐって、無一郎と若い刀鍛冶の小鉄の間に割って入る。前に進むよう励まされた炭治郎は、六本腕の縁壱零式を相手に修行し、新たな知覚の能力に目覚める。
第三期の第三話は、修行用の人形の中に隠された古い刀を明らかにし、筋骨たくましい刀鍛冶の鋼鐵塚を登場させ、二人の上弦の鬼が刀鍛冶の里を襲い、炭治郎と無一郎が必死に対応しようとするところで幕を閉じる。
無一郎は小鉄を救い、閉じ込められた刀鍛冶たちを救出することを選ぶ。一方、炭治郎、禰豆子、玄弥は半天狗の四つの分身と戦う。戦いは続き、やがて兄妹は埋もれ、蜜璃が襲撃を受ける里へと急ぐ。
蜜璃が里長を救うために到着し、無一郎は玉壺とその悍ましい創作物に対峙する。禰豆子の血が炭治郎の刀を真紅に染め、彼は龍の形をした一撃で半天狗の三つの分身を一度に斬り倒す。
炭治郎は半天狗の分身を操る隠された五体目の鬼を探し、一方で閉じ込められた無一郎は玉壺を相手に死の淵に近づく。長い回想が、玄弥と不死川実弥の幼少期の悲劇と、鬼へと変貌した母の死を明かす。
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